Sakura Kinomoto, 10 ans habite dans la ville de Tomoéda au Japon, avec son père Dominique et son frère Thomas. C'est une petite fille de CM1 comme les autres ... Jusqu'au jour où, attirée dans la bibliothèque de son père par des bruits étranges, elle découvre le livre de Clow.
Elle ouvre le livre qui renferme une mystérieuse série de cartes et, lorsqu'elle prononce le nom de la première carte,Windy, un grand vent se met à souffler et éparpille les cartes qui vont se disperser dans la nature ...
C'est alors qu'une sorte de nounours ailé jaune sort de la couverture du livre et se présente à Sakura comme étant le dénommé Kérobéros gardien protecteur du livre de Clow. Les Cartes de Clow ayant disparues, Kerberos explique à Sakura que les cartes ont été créées par un magicien très puissant du nom de Clow Read et sont dotées de pouvoirs magiques.
Libérées dans la nature, ces cartes sont incontrôlables et risquent de provoquer des catastrophes, il est donc impératif de les capturer. Kero charge alors Sakura de récupérer toutes les cartes et lui confie un sceptre pour utiliser ses pouvoirs. Sakura devient donc Chasseuse de Cartes.
Mais la mission de notre Chasseuse de Cartes va être compliquée lorsqu'arrive Lionel qui s'avère être un descendant du magicien Clow Read, le créateur des cartes, et veut tout comme Sakura, rassembler les cartes ...